依據廈門市城市總體規劃和綜合交通規劃，廈門市城市軌道交通2020年線網由6條線組成，總長度約267千米，共設車站139座，含換乘站18座；遠景年線網由11條線路組成，總長度404千米，共設車站188座，含換乘站42座。 
2012年5月11日，中國國家發展和改革委員會批復了《廈門市城市軌道交通近期建設規劃（2011~2020年）》。規劃顯示，2011～2020年，建設1號線一期、2號線一期、3號線一期共3個項目，總長度75千米 。
2016年10月8日，中國國家發展和改革委員會批復了《廈門市城市軌道交通第二期建設規劃（2016~2022年）》 [12]  。規劃顯示，2016～2022年，建設2號線二期、3號線二期、4號線和6號線一期共4個項目，總長度152.2千米，并對3號線一期東端局部改線。到2022年，形成5條線路、總長約224千米的軌道交通網絡 。
2020年1月23日，中國國家發展和改革委員會批復了《廈門市城市軌道交通第二期建設規劃（2016~2022年）調整方案》。根據調整內容，第二期擬將3號線二期終點延伸至廈大南門站，增設車站4座，增加里程7.35千米 [31]  。5月，廈門軌道交通集團發布《廈門市軌道交通3號線南延段工程環境影響評價第一次信息公告補充說明》。《說明》顯示，為進一步擴大工程服務范圍，擬將工程起點由廈大南門站繼續向西延伸至沙坡尾站，至此3號線南延段共計增設車站5座，共計增加里程8.292千米。